В мире, где почти все люди погибли от страшного вируса, выжившие прячутся глубоко под землёй. Там царит жёсткий порядок, а за любое неповиновение наказывают без жалости. Именно в таком будущем живёт Джеймс Коул, обычный парень с дерзким характером, который не смог смириться с правилами нового мира. За это его и отправили в тюрьму.

В 2015 году случилось непоправимое: загадочный вирус за считанные месяцы уничтожил почти всё человечество. Те немногие, кто остался, ушли под землю и теперь пытаются понять, как спасти то, что ещё можно спасти. Учёные будущего наконец-то создали машину времени, но она пока работает не идеально. Путешественники часто попадают не туда и не тогда, куда планировали.

Коулу предлагают сделку, от которой невозможно отказаться. Если он согласится стать первым человеком, на котором проверят путешествия во времени, и найдёт способ остановить пандемию ещё до её начала, ему простят все преступления и дадут свободу. Коул соглашается, хотя прекрасно понимает, что шансы остаться в живых почти нулевые.

Его отправляют в 2015 год, но машина сбивается, и вместо нужного времени Коул оказывается в 2013-м, в Балтиморе. Там его сразу принимают за психически больного: он кричит про конец света, который ещё не случился, и называет даты, которые никому ничего не говорят. В итоге Коул попадает в психиатрическую клинику.

В больнице он знакомится с доктором Кассандрой Рэйли, молодой и талантливой психиатром. Сначала она считает его обычным пациентом с бредом, но постепенно начинает замечать странные совпадения. Коул знает вещи, которые просто не может знать человек из 2013 года. Рэйли начинает подозревать, что он говорит правду.

Параллельно в настоящем, то есть в будущем, где люди живут под землёй, учёные ищут следы загадочной организации под названием Армия Двенадцати Обезьян. Именно её считают виновной в распространении вируса. Коул должен найти эту группу в прошлом и понять, как именно они выпустили заразу на свободу.

С каждым новым прыжком во времени Коул всё больше запутывается. Память начинает подводить, реальность смешивается с воспоминаниями, а границы между прошлым и будущим стираются. Он понимает, что изменить ход истории намного сложнее, чем казалось сначала.

Рэйли, которая поначалу хотела лишь вылечить странного пациента, постепенно втягивается в эту безумную историю. Она начинает помогать Коулу искать ответы, хотя сама до конца не верит в путешествия во времени. Вместе они пытаются разгадать, кто стоит за вирусом и можно ли вообще остановить катастрофу.

Сериал держит в напряжении с первой до последней минуты. Каждый эпизод открывает новые детали, заставляет сомневаться в том, что казалось очевидным, и переживать за героев, которые рискуют всем ради спасения мира, которого ещё даже не существует в их понимании.

Двенадцать обезьян это история не только про конец света, но и про надежду, про цену выбора и про то, насколько хрупким может оказаться наше завтра.