Второй сезон Тайн Смолвиля начинается с того, что Кларк Кент уже не тот наивный парень, каким был год назад. Он всё больше осознаёт свою силу и всё сильнее боится, что кто-то узнает правду о нём.

Кларку теперь пятнадцать. Он учится в старшей школе, пытается быть обычным подростком, но это почти невозможно. Он может поднять машину одной рукой, бежать быстрее ветра и видеть сквозь стены. Каждый день он борется с желанием использовать способности открыто.

Лана Лэнг по-прежнему остаётся девушкой его мечты. Они стали ближе, но между ними всё ещё стоит тень прошлого. Лана носит ожерелье из метеоритного камня, который ослабляет Кларка и вызывает у него сильную боль. Из-за этого он не может долго находиться рядом с ней.

Родители Кларка, Джонатан и Марта, делают всё, чтобы защитить сына. Они боятся, что если мир узнает о нём, его заберут и будут изучать как подопытного. Поэтому Кларку до сих пор запрещено играть в школьный футбол, хотя он мог бы стать звездой команды.

Дружба с Лексом Лютером становится всё сложнее. Лекс благодарен Кларку за спасение жизни, но он очень умён и любопытен. Он начинает замечать странности и постепенно приближается к разгадке тайны Кларка. При этом Лекс сам скрывает свои тёмные стороны и всё больше отдаляется от отца, могущественного Лайонела Лютера.

В этом сезоне в Смолвиле появляется много новых людей, которых тоже затронул метеоритный дождь 1989 года. Некоторые из них получили необычные способности и теперь представляют опасность. Каждую неделю Кларк сталкивается с новым противником, которого нужно остановить, не выдав себя.

Пит Росс, лучший друг Кларка, случайно узнаёт его секрет. Сначала он шокирован, потом обижен, что Кларк столько лет скрывал правду. Но со временем их дружба становится только крепче.

Хлоя Салливан продолжает вести расследования для школьной газеты. Она ближе всех подошла к разгадке тайны Кларка, но пока не может сложить все кусочки пазла. Её упорство иногда ставит её саму в опасность.

Кларк всё чаще задаётся вопросом о своём происхождении. Он находит в сарае странный корабль, на котором прилетел на Землю. На корабле появляется восьмиугольный ключ и сообщение от биологического отца. Кларк понимает, что он не просто случайный ребёнок, а часть какого-то большого плана.

Сезон полон драмы, опасных приключений и трудных выборов. Кларк учится быть героем, оставаясь при этом человеком. Он всё ближе подходит к тому, чтобы принять свою судьбу, хотя пока даже не подозревает, насколько великой она будет.